Данные пользователя и настройки хранятся в файлах data.xml и options.xml соответственно. В режиме работы Portable программа хранит данные файлы рядом с исполняемым файлом. При работе в нормальном (обычном) режиме программа хранит данные файлы в системной папке пользователя (см: Настройки: Данные) В архив/дистрибутив программы эти файлы не входят, и, разумеется, при правильной распаковке/установки поверх старой версии файлов новой данные пользователя останутся на месте. Тем не менее, на всякий случай, рекомендую скопировать эти два файла куда либо перед обновлением во избежание непредвиденных ситуаций.