Данные пользователя и настройки хранятся в файлах data.xml и options.xml соответственно. В режиме работы Portable программа хранит данные файлы рядом с исполняемым файлом. При работе в нормальном (обычном) режиме программа хранит данные файлы в системной папке пользователя (см: Настройки: Данные) В архив/дистрибутив программы эти файлы не входят, и, разумеется, при правильной распаковке/установки поверх старой версии файлов новой данные пользователя останутся на месте. Тем не менее, на всякий случай, рекомендую скопировать эти два файла куда либо перед обновлением во избежание непредвиденных ситуаций.
Категория ЧаВо